根据2017年8月省纪委驻委纪检组巡察反馈“内设机构设置不科学、不合理”和“部门负责人选用视野不够宽广”意见，云南民族博物馆从自身发展需要，持之以恒开展整改工作。在进行本馆机构设置问卷调查分析、充分借鉴同行机构设置、总结历次机构设置经验基础上，2018年初制定了《云南民族博物馆内设机构调整方案》。2019年1月初调整方案正式上报省民族宗教委，委党组高度重视，1月下旬批复云南民族博物馆设置办公室、财务部、藏品部、陈列展示部、研究信息部、公众教育服务部和保卫科7个部门，较之前减少2个内设机构。在委人事处指导下，4月初7个部门调整到位，按照公平公正公开原则，通过自愿报名、资格审查、公开竞聘演讲、民主测评、馆领导班子集体研究、公示、报备等程序，完成各部门负责人竞聘，新聘任6名年轻副主任（副科长），占部门负责人的37.5%，中层干部结构得到优化，年轻化迈出关键一步。同时发布《云南民族博物馆各部门职能职责》和《云南民族博物馆各部门及云南省民族文化宫建设项目办组成人员名单》，优化了部门职能，厘清了部门职责，提高了运行效率。